风险分析中对人类消费食品存在风险的危害物大体上分为以下几个部分：
--农药残留
--兽药残留
--其他来源化学污染物
--生物（天然）毒素
--食品添加剂、饲料添加剂
--微生物危害物
农药(Pesticide)：农药指用来阻止、破坏、吸引、击退或控制各种害虫，包括在食品、农产品或动物饲料的生产、储藏、运输、分配和加工过程中不需要的动植物品种，或用来杀灭动物寄生虫的药品。本农药概念包括植物生长调节剂、脱叶剂、干燥剂、水果瘦化剂或苗牙抑制剂以及产前和产后储藏运输过程中产品防腐剂，不包括化肥、动植物营养剂、食品添加剂或动物用药品。（注：农产品指原料谷物、糖用甜菜和棉籽，这些总体意义上来看不应该算做食品）。
农药残留(Pesticide Residues)：
指由于使用农药而导致的在食品、农产品或动物饲料中残留的一定物质，包括具有明显毒性的农药的任何派生物质，如转换产品、代谢产品、反应产品以及杂质。（注：农药残留包括已知的或不可避免的来源，如环境，以及众所周知的化学农药的使用）。
农药使用中良好农业生产规范(GAP)：
包括在实际可能的条件下能够有效防治害虫，同时在国家范围内授权的农药安全使用方法，它包括一组不同层次的农药使用标准直到最权威的使用方式量，其目的是使应用中农药残留量达到最低水平。规定的安全使用量是在全国的水平上确定的，包括经全国性登记或推荐，这既考虑到公共健康和职业健康也考虑到环境安全。实际情况包括食品和动物饲料的生产、储藏、运输、销售和加工的任何环节。
最大残留限量(MRL)：
指由食品营养标准委员会推荐的，食品或动物饲料中允许的农药残留物的最大浓度（毫克/公斤）。最大残留限制标准是根据良好的农药使用方式（GAP）和在毒理学上认为可以接受的食品农药残留量制定的。
最大农药残留限制的标准主要应用于国际贸易，是通过JMPR的估计而推算出来的：农药及其残留量的毒性估计； 回顾监控实验和全国食品操作中监督使用而搜集的残留量数据，监测中数据产生了最高的国家推荐、授权以及登记的安全使用数据。为了适应全国范围内害虫控制要求的不同要求情况，最大农药残留限制标准将最高水平的数据继续在监控实验中进行重复，以确定它是有效的害虫控制手段。参照ADI，通过对国内外各种饮食中残留量的估计和确定，表明与“最大残留限量标准”相一致的食品对人类消费是安全的。
外部最大残留限制(EMRL)：
外部最大残留限制指除了使用农药或直接或间接对商品有污染的物质以外，来自环境（包括以前农业使用）的污染。它是由食品营养标准委员会（Codex Alimentarius Commission）推荐合法应允或被认为在食品、农产品或动物饲料中可接受的农药或污染物的最大浓度，以每公斤商品中所含农药或污染物的毫克量来表示。
日允许摄入量(ADI) ：
化学药品中的ADI指在一生中，对消费者健康没有可感知危险的日摄入量，这一摄入量是根据联合国粮农组织(FAO)和健康组织(WHO)农药联合会议关于农药残留的化学评价而确定的。以每公斤体重所含化学药品的数量（毫克）表示。 (注意：与农药残留量相关的ADIs的其它信息参看1975年FAO/WHO关于农药联合会议的报告，联合国粮农组织植物生产和保护系列1号或世界健康组织技术报告系列第593号)。
暂时可忍受的日摄入量(PTDI)：
它是基于毒理学数据计算出的一个数值，表示人们摄入的可忍受的残留在食品、饮用水和环境中的农药污染物。（JMPR 1995年报告，联合国粮农组织生产与保护论文127，第5页）。
临时日允许摄入量（TADI）：
指可以获得足够的以致额外的生化、毒性以及其它所需数据，而确定的有限时期内可接受的日摄入量。（注：由FAO/WHO联合召开的农药残留会议确定的TADI通常包括大于ADI估计中所确定的残留因素的安全值）。
兽药(Veterinary Drug)：兽药是指用于预防、治疗、诊断畜禽等动物疾病，有目的地调节其生理机能并规定作用、有途、用法、用量的物质(含饲料药物添加剂)。包括：血清、菌(疫)苗、诊断液等生物制品；兽用的中药材、中成药、化学原料药及其制剂；抗生素、生化药品、放射性药品。
兽药残留(Veterinary Drug Residues): 是指动物产品可食部分中的残留的兽药及代谢化合物，以及与其相关兽药所产生的杂质。
兽药使用中的良好操作规范(GPVD)：GPVD是在实际条件下，经国家权威部门核准，政府推荐或经认可的兽药使用方法，包括退毒期。
食物中兽药的最大残留限制(MRLVD)：MRLVD指兽药使用后残留的最大集中量（按鲜重以毫克/公斤或微克/公斤表示），是符合食物标准委员会的推荐，法律所容许的或公认为可接受的在食物中的残留量。
在残留的类型和数量基础上，或在利用额外附加安全系数的暂时ADI基础上，将对人类健康没有任何毒理风险的量以可每日允许摄入量（ADI）表示。同时，也可以考虑其它一些相关的公共健康风险和食品技术方面的因素。
确立MRL时，也要注意到植物来源地和/或环境的残留。而且，MRL可以简化，以便与兽药的优良使用实践相一致，并能获得实用的分析方法。
肉：哺乳动物中的可食部分。
奶：唯一可以由哺乳动物分泌而来，只需挤奶而不需进行添加或抽取等工作。该项不需改变构成成份，或按国内法律其中的脂肪已被标准化。该术语可与一些相关词汇联用以指明奶的种类、等级、出处和/或特别用途，或描述对奶的物理处理。倘若调整限制为对天然奶进行添加和/或抽取处理，则需指明调整的构成成份。在国际贸易中，若不是牛奶还需声明奶的出处。
肌肉：家禽指的是已经驯化的禽类，包括鸡、火鸡、鸭、鹅、珍珠鸡和鸽子。
组织：指所有可食用的动物组织，包括肌肉及副产品。
其他来源化学污染物（Chemical Contamination）：主要包括除农药残留、兽药（抗菌素）残留外的环境污染物或雌激素（二恶英 Dioxin、氯丙醇chlorinated biphenyls）和重金属等以及在工业生产中所产生的有毒有害化学物，如包装材料等均可通过植物或动物进入食物链，并引起人类的疾病或健康问题。
天然毒素（Natural Toxins ）是一大类生物活性物质的总称，包括动物毒素、植物毒素和微生物毒素等，有别于人工合成的有毒化合物。也可分为海洋毒素和农业毒素。
海洋毒素：海洋毒素是由海洋中的微藻或者海洋细菌产生的一类生物活性物质的总称。由于这些毒素通常是通过海洋贝类或鱼类等生物媒介造成人类中毒，因此这些毒素常被称作贝毒或鱼毒（或贝类毒素和鳍类毒素），例如常见的贝类毒素麻痹性贝毒（Paralytic Shellfish Poison, PSP），腹泻性贝毒（Diarrhetic Shellfish Poison, DSP），记忆缺失性贝毒（Amnesic Shellfish Poison, ASP），神经性贝毒（Neurotoxic Shellfish Poison，NSP）以及鳍类毒素如西加鱼毒（Ciguatera Fish Poison, CFP）包括河豚毒素、鲭鱼毒素等。到目前为止,在上面几类主要的海藻毒素中，麻痹性贝毒是分布最广、危害最大的一类毒素。麻痹性贝毒是由甲藻产生的一类四氢嘌呤毒素的总称。目前在鱼类产品中发现的某些毒素是地球上毒害最严重的物质。部分有毒物质是特别低等的。有些是耐高温的，不是普通的烹饪可以杀死的，而且是不易被探测到的，只能通过一些分析手段才能发现。这些毒素通常不会影响到鱼的外观、气味及口味。应特别注意的一类海产品是软体贝类，包括牡蛎、贻贝和蛤蜊。有些特殊的毒素与它们有关，而且这些有贝类毒素所引起的PSP、DSP、NSP、ASP现象在人类的疾病中也有发现。以上毒素的一个共同点是：它们不是由贝类自身产生，而是其它海洋微生物在贝类中存积存形成。
河豚毒素（Tetrodotoxin）：河豚毒素大量存在于河豚中，在日本的享饪中它被称为fugu，这种毒类是由河豚自身产生的，清理时必须要除掉。如果不慎食入了没有妥善处理的河豚，大约在于20分钟之内就会出现初级的神经系统症状麻痹症，呼吸系统衰竭、痉挛、心脏跳动不规律、而且经常引致死亡。河豚毒素是地球上现发现的毒害最大的原素之一，FDA只在有特殊需求时，才允许河豚进入国内。
西加毒素：又称雪卡鱼毒通常是由生活在热带地区的甲藻产生的一类毒素，主要是影响热带、亚热带的礁石鱼类，典型的礁鱼类包括鳍鱼、梭鱼、真鲷、鲑鱼、鲐鱼王。通常这些鱼类都是因为吃那些以食含毒素的藻类为生的小鱼而存积在体内大量毒素，由鱼作为媒介，引起人类中毒。引起许多症状的毒素大多存活期较短、而因西加毒素这种毒素引发的麻木、颤抖、温度感知颠倒的症状会持续几个月，甚至有报告说持续几年。同神经性贝毒活性成分短裸甲藻毒素类似，西加鱼毒素也是聚醚结构。由西加鱼毒素引起的中毒事件多发生在加勒比海和太平洋地区，每年中毒人数约有1万多人。
鲭鱼毒素：在美国大约有一半的鳍类毒素报告中都包括鲭毒类，这是由于鲭类鱼中含有大量的组胺，而且胺是由于细菌的生长形成的。含鲭毒素的主要三大类鱼是：金枪鱼、马哈鱼、青鱼，尽管在其它鱼中也有发现鲭鱼毒素。
刺尾鱼毒素（Maitotoxin）：刺尾鱼毒素是通常与西加鱼毒素共存的另一种毒素，能够作用于细胞膜，致使钙离子内流，其机制很可能是通过作用于部分膜蛋白，使之形成一个类似于钙离子通道的孔。
麻痹性贝毒（PSP）：是由海洋藻类形成，主要存在于软体贝类中。即使食入少量的PSP毒素，也会引起神经系统的疾病，包括：颤抖、兴奋及唇、舌的灼痛和麻木感，严重时会导致呼吸系统麻木以致死亡。PSP毒素存在于世界范围之内，包括美国东西两岸。特别是在阿拉斯加有着携带大量PSP毒素的动物。有趣的是，现已在鲐鱼内脏中，龙虾及许多蟹类中也发现了PSP毒素。根据结构，麻痹性贝类毒素可以大致分为三类：氨基甲酸酯类毒素（Carbamate toxins），包括石房蛤毒素（STX），新石房蛤毒素（neoSTX），膝沟藻毒素1－4（GTX1－4）；N-磺酰氨甲酰基类毒素（N-sulfocarbamoyl toxins），包括GTX5（B1），GTX6（B2），C1－4；脱氨甲酰基类毒素（decarbamoyl toxins），包括dcSTX,dcneoSTX, dcGTX1－4。
腹泻性贝毒（DSP）：是由另外一种海洋藻类产生，大量存在于软体贝类中一种毒素。主要来自甲藻中的鳍藻属和原甲藻属，是70年代由日本科学家Yasumoto发现。根据毒素的结构，腹泻性贝毒毒素可以分成三类： 聚醚类毒素—大田软海绵酸（Okadaic acid）和鳍藻毒素（Dinophysistoxins）;大环聚醚内酯毒素—扇贝毒素（Pectenotoxins）;融合聚醚毒素—虾夷扇贝毒素（Yessotoxins）。此外，大田软海绵酸的二元醇酯衍生物尽管没有表现出和大田软海绵酸同样的毒性作用，但可以水解生成大田软海绵酸，因此也应当被看作是这类毒素。所幸的是DSP目前仅在加拿大东岸、亚洲、智利、新西兰及欧洲地区有发现，在美国尚未证实存在DSP毒素。DSP不是一种可致命的毒素，通常只会引起轻微的胃肠疾病，而症状也会很快消灭。
遗忘性贝毒（ASP）：遗忘性贝毒（活性成分为软骨藻酸Domoic acid）引起的中毒事件87年首次在加拿大出现并导致三人死亡，中毒者食用了贻贝表现出肠道症状和神经紊乱，严重的有短暂的记忆丧失现象。事后研究表明引起中毒的活性成分为软骨藻酸，一种早先曾在红藻中分离出的氨基酸类物质。这也是首次发现由硅藻赤潮引起的中毒事件，能够产生软骨藻酸的硅藻主要是Pseudo-nitzschia属中的一些种。这些有毒藻最初在北美发现，然而很快就在欧洲、新西兰等地区发现了这种藻以及能够产生软骨藻酸的其它有毒藻，而且在贝类中检出了累积的软骨藻酸。这种毒素目前只在北美洲东北、西北、海岸有所发现。同样的ASP也是源自一种海洋藻类。已在软体贝类的内脏中有所发现，像蟹类等。这类毒素同时具有胃肠系统及神经系统病毒的症状，包括短时间失忆，即健忘症。严重时也会引发死亡。
神经性贝毒（NSP）：是一种与赤潮有关的毒素，受这种毒素影响的贝类被称为Brevetoxin，也是源自于一种海洋藻类。而且它会导致食物病菌，存在NSP。神经性贝毒是到目前为止危害范围较小的一类毒素，主要分布在美国墨西哥湾一带，但近年来在欧洲、新西兰也发现了有毒藻Gymnodinium breve的存在。神经性贝毒活性成分包括短裸甲藻毒素A（Brevetoxin A），短裸甲藻毒素B（Brevetoxin B）和半短裸甲藻毒素B（Hemibrevetoxins B）等。这些毒素主要由短裸甲藻产生。这种毒素的典型区域为墨西哥湾。美国南大西洋海岸以及新西兰，这类毒素虽不象其它贝类毒类那么严重，但同样也会产生肠胃不舒服及神经系统疾病的症状如神经麻木、冷热知觉的颠倒、即冷热不分。
农业毒素（Agriculture Toxin）：除在海洋生物中发现的自然毒素外，在农业商品中发现了许多自然毒素。总的来说，这些毒素都是真菌类的。真菌毒素是因真菌形成，在自然界中广泛存在，因此大多数的农产品中都有可能含有真菌。并不是所有的真菌都有毒，可只要在一定的外部条件下，如水活度情况、温度条件及氧气条件合适的情况下，它就会产生。在各方面条件合适的情况下，真菌毒素会直接进入食品中。如谷物和小麦的生长，真菌毒素也可以间接进入食物链可能导致动物误食了受污染的食物，真菌毒类又会通过以动物为源的食品如奶、奶酪继续延续下去。
真菌毒素(Mycotoxins):是某些丝状真菌产生的具有生物毒性的次级代谢产物，这些毒性真菌包括曲霉、青霉、镰刀霉、链格孢霉、棒孢霉和毛壳菌等。最先被分离纯化的真菌毒素为麦角生物碱（Ergot Alkaloids，1875）和青霉酸（Penicillic Acid，1913），其他真菌毒素也相继于二十世纪三十年代和四十年代得以分离纯化，然而，对真菌毒素的真正研究却是从1962年黄曲霉毒素的发现开始的。
黄曲霉毒素(Aflatoxin):黄曲霉毒素是真菌毒素，实际上是指一组化学组成相似的毒素，黄曲霉和寄生曲霉是产生黄曲霉毒素的主要菌种，其他曲霉、毛霉、青霉、镰孢霉、根霉等也可产生黄曲霉毒素，黄曲霉毒素最常见于花生及花生制品，玉米、棉籽、一些坚果类食品和饲料中，主要有黄曲霉毒素B1、B2、G1及G2等10多种，其中以黄曲霉毒素B1存在量最大，也最毒；黄曲霉毒素M1为黄曲霉毒素B1的代谢物,毒性仅次于黄曲霉毒素B1,常存在于牛奶和奶制品中。
桔霉素（Citrinin）:桔霉素是1931年从桔青霉中首次获得的，是某些青霉和曲霉的代谢物，科学家在澳洲的一种草本植物Crotalaria crispata里也发现了桔霉素。
环匹克尼酸(Cyclopiazonic acid，CPA): 环匹克尼酸(CPA)是由曲霉菌及青霉菌的几个菌种产生的。据报道，CPA比黄曲霉毒素更频繁地出现在被曲霉菌污染的花生上。有人从食品和饲料中分离出大量青霉菌，从中鉴定出数十种真菌毒素，而其中最多的就是CPA。
麦角生物碱(Ergot Alkaloids):毋庸置疑，麦角生物碱是人们最先认识到的一类真菌毒素，麦角化合物可大致分成10类，现在已知包括有100多种化合物，其中最具生理活性的就是麦角生物碱，可按麦角酸衍生物和其异构体分类。 面粉和焙烤食品中都可能存有麦角生物碱，然而，现在更引起关注的是作饲料用途的谷类中可能存在的麦角生物碱。
伏马菌素（Fumonisins）:伏马菌素（Fumonisins）1988年被发现，其主要是由真菌F. moniliforme和F. proliferatum产生的次级代谢产物。粮食在加工、贮存、运输过程中易受上述两种真菌污染，特别是当温度适宜，温度较高时，更利于其生长繁殖，产生一类结构性质相似的毒素，其中以伏马菌素B1、B2和B3为主。
赭曲霉毒素(Ochratoxin):赭曲霉毒素最初是从南非的赭曲霉株中分离出，可由某些青霉产生，能造成谷物和其他食品中的赭曲霉毒素A污染。赭曲霉毒素包括7种结构类似的化合物，其中以赭曲霉毒素A毒性最大。
棒曲霉毒素(Patulin):棒曲霉毒素是1942年首次从棒状青霉中分离纯化出的，是杂环内酮结构。也可经由其他一些青霉和某些曲霉代谢产生。霉变的苹果和其他水果都有可能产生棒曲霉毒素，苹果原汁、各种稀释过的苹果浓缩汁及苹果酒里常常含有棒曲霉毒素。
杂色曲霉毒素(Sterigmatocystin):杂色曲霉毒素最初是1954年从杂色曲霉的培养物中分离出来，结构上和黄曲霉毒素非常相似；事实上，杂色曲霉毒素和其氧甲基衍生物是黄曲霉毒素生物合成过程的中间体，除杂色曲霉外，黄曲霉、构巢曲霉、寄生曲霉等也都能产生杂色曲霉毒素。
单端孢霉烯族毒素(Trichothecenes):单端孢霉烯族毒素是一大类具有相同倍半萜化学结构的生物活性物质，可由头孢菌、镰孢菌、葡萄状穗霉和木霉菌等代谢产生，比较重要的非大环类单端孢霉烯族毒素有T-2毒素、HT-2毒素、去氧雪腐镰刀菌烯醇（DON）、雪腐镰刀菌烯醇和二乙酰雪腐镰刀菌烯醇(Diacetoxyscrirpenol，DAS)等。
玉米赤霉烯酮(Zearalenone):玉米赤霉烯酮，即F-2雌性发情毒素，是一镰刀菌产生的雌激素类内酯，主要存在于玉米和小麦中，虫害、冷湿气候、收获时机械损伤和贮存不当都可以诱发产生玉米烯酮。
植物自己产生的毒素：植物在不同时期产生的毒素，如马铃薯的绿色部分所产生的茄碱（solanine）,绿色豆中的phasine，树薯(manioc)中的cyanogenic化合物。
食品添加剂（Food additives）: 食品添加剂是指为改善食品品质和色、香、味，以及为防腐和加工工艺的需要而加入食品中的化学合成或天然物质。 复合食品添加剂是指由两种以上单一品种的食品添加剂经物理混匀而成的食品添加剂。食品添加剂本身不作为食品消费，也不是食品特有成分的任何物质，而不管其有无营养价值。它们在食品的生产、加工、调制、处理、充填、包装、运输、贮存等过程中，由于技术（包括感官）的目的，有意加入食品中或者预期这些物质或其副产物会成为（直接或间接）食品的一部分，或者改善食品的性质。它不包括污染物或者为保持、提高食品营养价值而加入食品中的物质。”此定义即不包括污染物也不包括食品营养强化剂。日本、美国和中国规定的食品添加剂，则均包括食品营养强化剂。食品添加剂中不包括污染物。污染物指不是有意加入食品中，而是在生产（包括谷物栽培、动物饲养和动物性药剂使用）、制造、加工、调制、处理、充填、包装、运输和保藏等过程中，或是由于环境污染带入食品中的任何物质。但不包括昆虫碎体、动物毛发和其他外来物质。
饲料添加剂（Feed Additives）: 是指在饲料加工、制作、使用过程中添加的少量或者微量物质，包括营养性饲料添加剂、饲料添加剂。
营养性饲料添加剂（Nutritive Feed Additives）：指用于补充饲料营养成分的少量或者微量物质，包括饲料级氨基酸、维生素、矿物质微量元素、酶制剂、非蛋白氮等。
一般饲料添加剂（General Feed Additives）：是指为保证或者改善饲料品质、提高饲料利用率而掺入饲料中的少量或者微量物质。
药物饲料添加剂（Drug Feed Additives）：是指为预防、治疗动物疾病而掺入载体或者稀释剂的兽药的预混物，包括抗球虫药类、驱虫剂类、抑菌促生长类等。
食品添加剂风险分析步骤最初是由法典委员会组织CCFAC
微生物（Microorganism, microbe）: 微生物是一些肉眼看不见的微小生物的总称。包括属于原核类的细菌、放线菌、支原体、立克次氏体、衣原体和蓝细菌（过去称蓝藻或蓝绿藻），属于真核类的真菌（酵母菌和霉菌）、原生动物和显微藻类，以及属于非细胞类的病毒、类病毒和朊病毒等。微生物千姿百态，有些微生物是有益的，它们可用来生产如奶酪，面包，泡菜，啤酒和葡萄酒。有些是腐败性的，即引起食品气味和组织结构发生不良变化；有的可引起人类食物中毒，使人类染病，是致病微生物，是微生物危害。常见致病微生物有大肠菌群、耐热大肠菌群、埃希氏大肠菌、出血性大肠菌、金黄色葡萄球菌、沙门氏菌、志贺氏菌属、致病性弧菌、单核细胞增生李斯特氏菌、弯曲菌属、产气荚膜梭菌、肉毒梭菌、亚硫酸盐还原菌、耶尔森氏菌、蜡样芽孢杆菌、假单胞菌属、溶血性链球菌、粪链球菌、平酸菌、霉菌和酵母菌、肠杆菌科、肠球菌等。
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