食品生产许可证是工业产品生产许可证的一部分，都是按照国家质检总局制定的工作程序、审查条件、工作部署开展工作。但两者也是有一定的区别，首先是管理模式不同。如工业产品生产许可证由省级质量技术监督局负责受理申请，由省级质量技术监督局或者审查部负责审查；而食品生产许可证由市（地）级以上质量技术监督负责受理企业申请并承担审查工作。
其次，工业产品生产许可证制度是一种相对独立的制度，而食品生产许可证则作为食品质量安全市场准入制度的一个环节，是通过对食品生产加工企业保证食品质量安全必备条件的审查来保证食品质量安全的。食品质量安全市场准入制度中的食品生产许可制度、强制检验制度、市场准入标识制度等，是密切联系、相互配套、不可分割的完整体系。