这类蛋白因子往往含有几个相同的指结构, 每一个指结构具有以下的保守序列: Cys-X2-4-Cys-Phe-X5-Leu-X2-His-X3-His。这段保守序列中的两个半胱氨酸残基和两个组氨酸残基与锌离子形成配位键, 形成环, 因此称为锌指, 上述具有Cys和His的指结构称为Cys2/His2指。每个指结构有23个氨基酸残基, 指结构之间的距离为7～8个氨基酸残基。

另一类指结构是Cys2/Cys2的锌指结构, 指结构中保守序列是:Cys-X2-Cys-X13-Cys-X2-Cys。