在绿色食品生产中，可以按照国家标准合理使用添加剂，这是因为：除了生、鲜，并在能达到商业无菌的条件中生产、储存、无包装的食品外，加工食品都要直接或间接，或多或少的使用食品添加剂，就拿食盐这一原料为例，我国法定在食盐中加碘元素，而加入的碘强化剂，就是食品添加剂中的一类。所以，生产绿色食品的企业，尤其是生产加工型产品的企业，可以使用绿色食品生产标准中允许的食品添加剂。
食品添加剂是为了改善食品品质和色、香、味、形、营养价值，以及为保存和加工工艺的需要而加入食品中的化学合成或者天然的物质，绿色食品的加工产品在生产中应该以更高的水平合理使用添加剂，开发出各种花色品种的产品，以满足消费者的需要。根据目前绿色食品加工企业所反映的问题来看，在食品添加剂的使用上要注意添加量的问题。
由于对食品添加剂安全性认识的误区，人们往往认为天然的食品添加剂比人工化学合成的安全，实际许多天然产品的毒性因目前的检测手段、检测内容所限，尚不能做出准确的判断，而且，就已检测出的结果比较，天然食品添加剂并不比合成的毒性小。
在卫生部出台的《关于进一步规范保健食品原料管理的通知》中，以下天然的原料禁用：八角莲、土青木春、山莨菪、川鸟、广防已、马桑叶、长春花、石蒜、朱砂、红豆杉、红茴香、洋地黄、蟾酥等59种。因此，绿色加工食品的生产中，生产企业在使用天然食品添加剂时一定要掌握合理的用量。
天然食品添加剂的使用效果在许多方面不如人工化学合成添加剂，使用技术也需要有很高的水平，所以在使用中要仔细研究、掌握天然食品添加剂的应用工艺条件，不得为达到某种效果而超标加入。虽然绿色食品的附加值较高，但仍然需要控制产品成本，因为天然添加剂的价格。一般较高，这就要求绿色食品的生产厂家提高自身的研发能力。科学使用天然食品添加剂的复配技术可以减少添加剂使用量和更新产品，食品添加剂的复配可使各种添加剂之间产生增效的作用，在食品行业中称为“协同效应”，“协同”的结果已不是相加，大多数情况中可以产生“相乘”的结果，可以显著减少食品中食品添加剂的使用量，降低成本。
最近，我国对于复配型食品添加剂的管理法规可能有重大调整，各绿色食品加工企业不妨相应地进行生产工艺技术的革新，使绿色食品添加剂的使用提高功效。食品添加剂是食品工业中研发最活跃，发展、提高最快的内容之一，许多食品添加剂在纯度、使用功效方面提高得很快，例如酶制剂，许多产品的活力、使用功效等年年甚至每季度都有新的进展。所以，绿色食品的加工企业应时刻注意食品添加剂行业发展的新动向，不断提高产品加工中食品添加剂的使用水平。