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HPLC系统内部可能的污染物来自人的触摸，暴露在实验室化学环境，与零部件制造相关的残留物，或来自先前的流动相和样品的残余物。虽然HPLC系统自身也会逐步地被流动相清洗，但某些释放出的杂质会吸附在色谱柱上以及检测器润湿的表面上，因而会降低总的性能。
•磷酸清洗：通常用于从系统中除去有机杂质。可能是由于洗涤作用，它似乎比强有机溶剂更好也更快。这一步清洗必须在硝酸钝化之前完成。
•硝酸钝化：实际上是作用于不锈钢表面，在表面上生成均匀的氧化层。这层氧化膜保护不锈钢免受腐蚀(卤化物，螯合剂，等等)并且尽量减少浸出的金属离子进入流动相。
以下应用需要在使用前做磷酸清洗和硝酸钝化，包括：
•所有的氨基酸分析系统；
•所有包含电化学检测器的系统；
•所有要分析无机阳离子，包括过渡金属的系统；
•所有利用柱后添加衍生试剂或络合样品组分的系统。
以下应用需要在使用前只做磷酸清洗，包括：
•所有常规用途的、可能在低pH环境下在低紫外检测波长下运行的HPLC系统；
•所有需要高灵敏度性能的梯度紫外检测系统。
一准备工作
首先，摘下色谱柱，用两通或接头取代色谱柱。在实行这一清洗步骤时，如果有可能选择监测的紫外波长为：254nm。通过软件或移去电缆的方式取消紫外检测器的自动回零功能。
二具体步骤
1、用甲醇彻底冲洗系统，以等比例方式通过泵的所有管路。
2、用水彻底冲洗系统，以等比例方式通过泵的所有管路。
3、以等比例方式通过泵的所有管路导入～30%v/v磷酸水溶液。以1mL/min流速洗大约一个小时。在冲洗期间活动所有的阀，包括：参比阀、进样阀及旁路阀等等。
4.用水彻底冲洗所有管路和系统。
必要时用6N硝酸(HN03)重复以上步骤。否则，跳到第7步。注意：硝酸是一个强紫外吸收溶液。除非绝对需要，不要做钝化程序。
5.以等比例方式通过泵的所有管路导人6N硝酸水溶液(大约是40%)。以1mL/min流速洗大约一个小时。
6.用水彻底冲洗系统，仔细检查是否有任何渗漏，在冲洗期间反复活动所有的阀，包括：参比阀、进样阀及旁路阀等等。
注意：如果你要用低于270nm的紫外波长作检测，则需要更大量水的清洗过程，不断的换新鲜水并活动各个阀(冲洗进样器，等)以便从系统中除去所有的痕量硝酸根离子。硝酸清洗后经常在几天之内都会观察到在低紫外波长下有负的基线漂移。勤换水和有耐心是尽快消除紫外本底的关键。
7.返回到甲醇洗，然后继续用实验所需的溶剂冲洗。
8.通过软件或接上电缆的方式重新使紫外检测器的自动回零功能恢复。