自交植物中采用的一种杂交育种，即从杂种的初期世代进行个体选择，把下一代作为系统进行培育鉴别。一般是进行F2的个体选择、F3的系统选择和个体选择，以及F4为F3系统、下代的系统群的选择与系统选择和个体选择，F5以后可按同样的操作进行。本法可详细记录系统的育种过程，育种家常根据后代的鉴定进行可靠的选择，能很好地掌握选择系统的特性。系统育种，作为有关育种目标性状的基因数目不多，而且在性状的遗传价值较易判别时，系谱育种法是很有效的，能较快地取得育种成果。相反，在多基因遗传的性状中，此法往往有错误淘汰优良个体的危险，日本的水稻和小麦育种完全采用此法，但在高产品种的育种时，已趋向于采用群体育种法。