指二个以上系统之间有一部分基因不同而其它基因都相同的纯系鼠，例如C57BL／10（H－2b）系与DBA／2（H－2d）系为不同的系统，但C57BL／10鼠的H－2基因用DBA／2的同基因置换了的B10．D2鼠，有H－2d，但其它基因与C57BL／10是相同的，称B10．D2与C57BL／10为同族。这种仅H－2基因不同的情况称同族抵抗鼠（congenic resistant mou-se）。同族关系并不限与H－2基因有关，例如，C3H系与AKR系二者都为H－2k，但其它基因则不同，例如T细胞特异抗原的Thy 1抗原，在C3H为Thy 1．2，而AKR为Thy 1．1，然而只将AKR的Thy 1．1用C3H的Thy 1．2置换成的AKR-Thy 1．2与原来的AKR系对Thy 1抗原之外的基因来说是同族系。关于形成同族鼠，以Thy 1抗原为例，用C3H与AKR交配，以后以Thy 1．2抗原之有无为指标，与AKR回交（10世代以上），这样在Thy 1抗原以外之基因，便都成了AKR系。同族鼠只是特定的基因产物不同，所以一方的细胞或体液成分可使另一方免疫，可以产生对特定抗原的抗体或免疫反应细胞。这对现代免疫学是很大的贡献。