组成蛋白质基本结构的多肽链两端，原则上是一端有一个氨基末端残基，另一端带有一个羧基末端残基。前者是将α氨基保持游离状态的氨基酸残基，后者是将α羧基保持游离状态的氨基酸残基。采用1-氟-2，4-二硝基苯的桑格（F．Sanger）的DNP法（DNP method），在历史上是很著名的。该法可作为鉴定或定量分析位于氨基末端的氨基酸残基的方法。也广泛采用将DNP法超微量化的dansyl法（用5-二甲氨基萘磺酰氯）。Edman降解法是从氨基末端开始测定氨基酸排列顺序的有效分析法。还可采用氨肽酶降解进行氨基末端分析。