当一个新的群体只由几个个体建立起来时，就发生了随机漂变的极端情况，即称为奠基者效应(founder effect)。在海岛生活的许多物种的群体，尽管现在已有几百万个个体组成，但它们往往都是很久以前偶然到来的一个或几个移居者的后裔。湖泊、隔离的森林和生境中也有这种情况。如果这几个移居者之间在某些基因座上的基因频率的差别，大于这几个移居者本来所属群体之间的差别，则将对这些移居者后裔的进化产生持久的重大影响。人类群体中奠基者效应的一个近代例子是，美国一个州有一个由19世纪中期从德国迁来的27个家庭建立起来的一个教派。他们生活在自己的圈子里，几乎不同周围人群通婚。在几个基因座上可以观察到遗传漂变的作用。如血型A(基因型IAIA，IAi)的频率在德国人群为0．40到0．45，可是这个社团的德裔美国人群中为0．60，户等位基因的频率只有0．025。MN血型基因座上，M等位基因频率在德国人和美国人群体都为0．54，可是这个社团的德裔美国人却达0．65。
