一、资料收集整理阶段。本阶段需要查找某个项目专题的文章,并写出对该专题的综述,以便对自己所要做的课题的现状有一个基本的了解。
推荐软件：Reference Manager 9.0
同类参考软件：Endnote 3.1.2
二、序列分析、实验设计模拟阶段。
1.综合性软件。
这类软件要求对本阶段上述的大部分功能均具备，而且这类软件在一些专项分析上仍有绝对优势。
推荐软件：DNASTAR 4.03
同类参考软件：Vector NTI Suite 6.0,Omiga 2.0、DNASIS 2.5,DNATools 5.1
2.制酶分析。
可能是最简单的功能了，用普通的文本搜索也能找出相应的序列位点。正因如此，我们希望软件在结果输出上有更完美的表现。另外几乎所有的软件都没有考虑在酶切位点前应该有保护碱基，所以该分析通过，并不能在实验中总能通过。
推荐软件：DNAssist 1.0
同类参考软件：Primer Premier 5.0,Vector NTI Suite 6.0和其他多种软件
3.引物设计。
引物设计一般包括用于检测和用于进一步分子操作的引物。其中用于分子操作的在原来序列上设计，加上接头和保护碱基。但几乎所有软件都没有考虑接头和保护碱基的设计。因此能否对假定的引物进行各种属性的分析，参考各种结果，最后找到合适的引物序列便成为选择软件的最关键。
推荐软件：Primer3
同类参考软件：Primer Premier 5.0,Vector NTI Suite 6.0,DNAClub,Oligo 5.0
4.序列比对。
序列比对包括部分完全相同序列查找和序列相似性排列两类。与限制酶分析相似，由于这类软件的算法没有多大变化，内核大都是相同的，所以其结果输出和易用性也成了更重要的标准。
推荐软件: GeneDoc 3.2，MagAlign 4.03（Lasergene Suite）
同类参考软件：Vector NTI Suite 6.0等
5.质粒作图。
这也是最常用的序列显示功能。我们要求软件能对已知序列自动作图，对未知序列但关键部位位置清楚的质粒也能作图。主要是标示各种酶切位点、基因序列、特定结构域序列。
推荐软件：Gene Construction Kit 2.0
参考软件：Winplas 2.6 pDRAW32 1.0.33等
6.结构域（motif）查找。
与限制酶的分析相似，这也是一个文本查找的内容，关键在于以何种方式显示查询结果。
推荐软件：Primer Premier 5.0
7.序列查找下载工具。
推荐软件：Vector NTI Suite 6.0: PubMed-Entrez Searching
参考软件：Network Entrez
8.RNA二级结构预测及分析。
似乎人们在二级结构预测方面没有什么明确的模型。因此，对这类软件只能以参考参考的心态来使用了，不能报任何希望。
推荐软件：RNAdraw 1.1b2
参考软件：RNAStructure 3.5
9.蛋白二级结构分析。
不要指望软件能给你带来一个有三维结构的蛋白，所谓的分析只能给你一个蛋白某些片段有形成什么结构的趋向。结果判定还是要靠人本身。
推荐软件：Vector NTI Suite 6.0 ：Bioplot
参考软件：Antheprot 4.5
10.克隆策略图谱。
几乎所有人都用手工或用绘图软件来画出整个克隆过程，各种位点只能大概估计，与核酸的序列之间的关系当然无从谈起。现在终于有可以解决问题的软件登陆了。
推荐软件：Gene Construction Kit 2.0
11.三维结构显示。
用各种方法计算出来的各种三维结构的数据只有在相关软件帮助的情况下，才能显示出其本来面目，使得我们对这些分子的结构有一个直观的体会。
推荐软件：RasMol 2.7.1
参考软件：ICMlite 1.0 Cn3D
12.翻译/ORF Finding
推荐软件：Gene Construction Kit 2.0
参考软件：Primer Premier 5.0，Vector NTI Suite 6.0
13.格式转换。
各种软件为了自己软件的需要有不同的格式，对我们使用数据带来了困难。格式转换软件可以将不同格式数据转换以方便使用。
推荐软件：Seqverter 1.3
参考软件：Visual Sequence Editor 1.1， Genestudio
三、实验操作和数据分析阶段
??本阶段由于各实验室的设备和方法的不同差异太大，如若用到软件，请参考机器配备之软件。但也有一些共同的要求和使用的软件。
1.单向电泳条带定量分析。
推荐软件：BandScan 4.50
参考软件：band leader 3.0
2.据统计分析作图。可能在某些情况下需要用到这类软件。由于专业的统计软件也很多，比较出色。我们只推荐一个比较适合生物的软件SigmaPlot 2000。
3.序列拼装。这是多基因方面用得比较多的程序，在单基因的研究中有时也会用到。
推荐软件：SeqMan 4.03 （Lasergene Suite）
参考软件：Vector NTI Suite 6.0
四、文章写作和结果发表
??本阶段主要是对所获得的结果整理，并发表在合适的地方。
1.文献引用。
推荐软件：EndNote 5.0
参考软件：Reference Manager 9.0
2.生成出版质量的图片。发表时，对用到的分子结构的图片质量要求较高，直接从RasMol等软件中截取的图片质量不够精美。
推荐软件：Pov-Ray for Windows 3.1
参考软件：molmol 2.5.1,mole 1.1.8
3.序列递交。结果中有新的序列需要递交到各大数据库中必须符合各数据库的要求。除了下面推荐的软件外，也可以通过写好一种格式后，用格式转换软件转换为其他种类格式，以向不同的数据库递交序列。
