蛋白芯片技术是根据蛋白质－蛋白质相互作用规律而设计的高通量蛋白检测技术平台。其主要特点是将已知蛋白阵列固定在支撑物表面，用来检测相配对的未知蛋白，这种新技术使得研究人员可以在一次实验中比较生物样品中成百上千的蛋白质的相对丰度，相对于传统技术而言，效率大为提高。固定在支撑物上的蛋白质可以是抗体、抗原、受体、配体、酶、底物以及蛋白结合因子等。在实际应用中，抗体芯片研究得最多，其次是酵母双杂交技术。后者是将表达不同蛋白的酵母单克隆分别固定，检测能与相互作用的蛋白质的细胞。
抗体芯片（Antibody Microarray），是将能识别特异抗原的抗体制成微阵列，检测生物样品中抗原蛋白表达模式的方法。这种抗体微阵列可以在一次简单实验中同时检测样品中的数百甚至数千种蛋白质的表达情况，并且可以在一张芯片上对两种样品的表达模式进行比较分析。这使得抗体芯片在毒性实验、疾病研究和药物开发上有广泛的应用前景。
抗体芯片的检测操作并不要求特殊的技能，一般常规的操作就可以完成以往极为复杂耗时的工作。整个检测操作流程包括：从组织或细胞、体液中提取蛋白质，并用Cy5和Cy3两种不同颜色的荧光分子分别标记被检测样品和对照样品，去除多余的标记分子后与芯片杂交孵育，最后扫描分析结果。整个过程从样品制备到结果分析只要一天即可完成。在抗体芯片制作方面，如何获得高质量的抗体，提高特异性、减少交叉反应是制作高质量抗体芯片的主要考虑因素。
