首先，通过分析患有某种疾病的人群的遗传信息，将这一疾病定位到某一条或几条染色体上。当致病基因限定在染色体的一段区域（或称基因座locus）后，则可对这个区域及其附近的染色体测序，产生几百万碱基的DNA序列。这样一个基因座可能包含数十个不同基因，其中只有一个有可能与疾病相关。通过数据库搜索和基因预测可以提高在基因座上寻找目的基因的效率，但最终还得将其中几个基因表达，进而设计实验来验证究竟哪个基因与疾病相关。虽然这种方法寻找基因在理论上似乎可行，但找到的基因可能并不一定是好的药物靶点，不能直接用于临床治疗。必须指出，寻找新基因，特别是与疾病相关的新基因决不是一蹴而就的易事。
