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怎样寻找不同物种间对应的基因?

放大字体  缩小字体 发布日期:2006-07-01

利用NCBI可以查询不同物种间相对应的基因,如与小鼠相近的人类的基因:

 

人和大鼠是做过全基因组比较基因组学研究的,UCSC做得最全全面,已有相关的paper发表。在UCSC的Genome Browser中,可以通过基因名查询人、小鼠、大鼠、鸡、猩猩、狗、斑马鱼、河豚这些物种之间的对应或相似的基因。

 

也可以通过homologene 来进行查询:
例题:找到跟人的p21基因相对应的大鼠基因.
1. 进入entrez gene.


2.search gene for p21
To limit your search to a specific field, select:gene name
Limit by Taxonomy: Mammalia: Homo sapiens

3.选择第一个 CDKN1A,在link中新窗口打开homologene
得到:R.norvegicus--- Cdkn1a--- cyclin-dependent kinase inhibitor 1A

4.在大鼠芯片list中查找Cdkn1a,
得:13 17 n0313f03 U33314 Rn.10128
Rattus norvegicus serine/threonine kinase beta-PAK mRNA, complete cds p21 (CDKN1A)-activated kinase 3 Pak3

就这样找到了和人的p21基因对应的大鼠基因Cdkn1a. 如果你对该序列还不是很放心的话,可以将两条序列进行比对,或者寻找原始文献确证一下。

 
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