目前用于临床的抗菌药主要有以下九大类：
■β-内酰胺类
包括青霉素类、头孢菌素类、碳青霉烯类等。常用的药有青霉素、阿莫西林、氨苄西林、头孢氨苄、头孢克洛、头孢唑啉、头孢噻肟等。此类抗菌药的主要不良反应是过敏反应，如发热、关节痛、荨麻疹、休克等。
■氨基糖苷类
常用的有庆大霉素、链霉素、阿米卡星、妥布霉素等。其主要不良反应是肾脏与耳蜗毒性，可引起肾功能障碍及听力损害。
■四环素类
常用的药有四环素、强力霉素、米洛环素等，对儿童的骨骼与牙齿发育等可造成不良影响。
■喹诺酮类
常用的药有环丙沙星、氧氟沙星等。服用后可能引起胃肠道的不适；此类药有诱发癫痫的可能，有癫痫病史者慎用；本类药可影响软骨发育，孕妇及未成年人应慎用；长期大量使用该类药，可致肝损害。
■磺胺类
包括磺胺嘧啶、磺胺异恶唑、磺胺甲恶唑等。一般不良反应有恶心、呕吐，可自行消失；此类药有致畸作用，故孕妇不宜应用；肾功能不全者，也应慎用或不用此类药。
■氯霉素
只包括氯霉素一种药。可引起再生障碍性贫血。
■糖肽类
包括万古霉素和替考拉宁，在常用的抗菌药无效或不能应用时，才使用此类药。其可致严重的耳中毒和肾中毒，肾功能不全者禁用。
■大环内酯类
常用的药有红霉素、阿奇霉素、克拉霉素、螺旋霉素、罗红霉素等。其不良反应包括肝毒性、过敏、局部刺激。本药不宜肌肉注射。
■林可酰胺类
常用的药有克林霉素、林可霉素等。此类药可引起消化道的不良反应，有肝毒性。孕妇及哺乳期的妇女，以及1个月以下的新生儿禁用。