沼气肥养分全、肥效高，不仅有供作物生长发育需要的氮、磷、钾、钙、镁、硫及微量元素，还有丰富的有机质和腐殖酸类物质，既能促进微生物的活动，改良土壤，提高土壤肥力，又能改善土壤水、肥、气、热状况和耕作性能，提高地力。沼气池的肥料分上、中、下三层，应科学施用，以促进增产增效。
沼气肥料的上层含有大量的可容性养分，是含氮量浓度很高的液体肥料，易被作物吸收和利用。可供小麦、玉米、棉花、蔬菜等作物早期追肥，尤其是蔬菜早期追肥。施肥前应在沼气池的副池内多存６～７天，降低还原性；或者加水稀释，防止氨挥发损失、苗子泛黄及烧苗现象出现。
沼气肥料的中层是湖状肥，养分含量高，有较丰富的速效氮素、磷素、有机质和腐殖质，肥力较强。适合粮食作物、经济作物、果树和蔬菜等中期追肥，能持续快速供给植物生长发育所需要的多种养分，具有促枝叶、壮茎秆、攻子粒的作用。每亩追肥量１５００～２５００公斤，深度１０～１５厘米，施后覆土镇压。
沼气肥料的下层沼渣肥，含有氮素、有机质、腐殖酸类物质和矿化的速效磷素、钾素及微量元素。可供粮食作物、经济作物、果树、蔬菜、花卉、瓜类等作底肥。不论旱田或水田，将沼渣肥均匀撒在地表，随犁耕翻入耕作层，经耙耧，使沼肥与土壤充分混合。每亩用量０．２～０．５公斤，既能壮茎杆（棵），攻子粒，又能培肥地力，蓄水保墒。但应注意，从沼气池中取出沼渣肥后，堆沤１５天再使用。