对企业的申请材料进行书面审查，是决定受理企业申请以及保证现场审查工作顺利进行的关键环节，在整个审查过程中起着非常重要的作用，受理机关应当认真对待。申请材料书面审查的内容包括：申请材料的齐全性、准确性和有效性。
所谓齐全性，是指规定的材料是否均已提供；企业提供的材料是否能够表明企业具备《实施细则》规定的基本条件，如：《小麦粉生产许可证实施细则》规定，小麦粉生产企业必须有筛选清理设备、比重去石机、磁选设备、磨粉机、筛理设备、清粉机、微量元素添加设备和其他必要的辅助设备，而企业《申请表》的《企业主要生产设备、设施一览表》中未列出上述全部设备，则视为企业材料不齐全，应要求企业补全。
所谓准确性，是指申请材料的填写内容是否准确。如产品类别及申证单元的填写是否符合《实施细则》的规定，企业名称和地址是否与营业执照一致，生产工艺流程图中标注的关键设备和参数与《企业主要生产设备、设施一览表》中所列设备的情况是否一致等。
所谓有效性，是指企业提供的相关材料是否合法有效。如企业提供的食品卫生许可证、营业执照、组织机构代码是否在有效期内，企业标准是否经过备案等。