咖啡豆是咖啡果实内的种子，将咖啡果实放在强烈阳光下曝晒，直到外壳破裂才取出种子，这种方法称为“非水洗式”或“自然干燥式”。另一种方法是将咖啡果实放在水槽闪，泡水软化再除去果肉的“水洗式”。
水洗式的精制过程是将收获的咖啡果实被入水槽内，浸泡24--48小时。这样只有成熟的果实会下沉，而未成熟的果实会浮在水面上，这样便可挑选出成熟的果实。之后放入果肉去除机中，去除外皮与果肉，只留种子，接着将这些种子放入发酵槽中半天至一天的时间，如此残余在种子上的果肉残渣即会因发酵而掉落。最后用水洗净，经日光晒干，用脱壳机去除种皮即成。
中南美等生产国家，都是在有丰富水源与精良设备的农园内处理这项程序。由于泡在水槽里发酵的过程中，无法避免酸味的产生，有时亦会搀入其他杂味。但这种制法杂物较少，并可挑出未成熟的咖啡豆，故外观及品质上皆较优良。
非水洗式又称为自然干燥式，是将咖啡果实摊在阳光下，经充分干燥后，送入脱壳机内去除果肉及银皮，以获得咖啡豆。非水洗式的作业程序比较单纯，只要程序管理完善，即可获得成熟及品质优良的咖啡豆，但是这种方式容易受气候影响。且不完全豆的混入比例甚高。此外，利用此种方法处理的咖啡豆，饮用时常带有一股泥土的味道，而且不适合长期保存。埃塞俄比亚、也门，及巴西产的绝大部分咖啡豆，以及多数的罗巴斯塔种咖啡豆，皆采用此一方法精制。