根腐病 先由须根、支根变褐腐烂，逐渐向主根蔓延，最后导致全根腐烂，直至地上茎叶自下向上枯萎、全株枯死。该病常与地下线虫、根螨的为害有关，在土壤黏度重、田间积水过多时发病严重。黄芩、丹参、板蓝根、黄芪、太子参、芍药和党参等中药材易感染此病。防治方法是：在播前用杀虫药防治地下害虫，同时增施腐熟有机肥，以增强抗病力。发病初期可用甲基托布津、多菌灵等800-1000倍液灌根，雨后及时排水。
根结线虫病 由于根结线虫的寄生，在药材根部长了许多瘤状物，致使植株生长缓慢、叶片发黄，最后全株死亡，受此病为害的药材有丹参、桔梗、黄芪、人参和北沙参等。防治时最好与禾本科作物轮作或水旱轮作，播前用甲基异柳磷处理土壤。
白绢病 常发生在近地面的根处或茎基部，出现一层白色绢丝状物，严重时腐烂成乱麻状，最终导致叶片枯萎、全株死亡。常在高湿季节或土壤渍水条件下发病。受此病为害的药材主要有黄芪、桔梗、白术、太子参和北沙参等。防治时应与禾本科作物轮作或水旱轮作，播前土壤用石灰消毒或用多菌灵、甲基托布津液浸种消毒。
立枯病 最初是幼苗茎基部出现褐斑，进而扩展成绕茎病斑，病斑处失水干缩，致使幼苗成片枯死。受此病为害的药材主要有黄芪、杜仲、人参、三七、白术、北沙参、防风和菊花等。处理方法有：降低土壤湿度，及时拔除病株，并用多菌灵、五氯硝基苯等处理土壤，喷药预防其他健株感染。
枯萎病 发病初期，下部叶片失绿，继而变黄枯死。重茬地、排水不良的黏土地发病严重。黄芪、桔梗和荆芥等药材常感染此病。防治时应与禾本科作物轮作，发病初期用多菌灵、甲基托布津等药物喷洒处理。
菌核病 发病时幼苗茎基部产生褐色水渍状病斑，幼茎很快腐烂，造成倒苗死亡。病部后期出现的黑褐色颗粒即为菌核。受此病为害的药材有丹参、人参、白术、半夏、川芎、川蒡、延胡索和牡丹等。防治时除实行轮作外，还要在发病中心撒施石灰粉、喷40%纹枯利或甲基托布津等。
霜霉病 叶片背面有一层霜状霉层，初期为白色，后变为灰黑色，最终致使叶枯黄坏死。受此病为害的中药材有板蓝根、元胡、党参、枸杞、北沙参和菊花等。防治时可用40%疫霜灵、乙磷铝、瑞毒霉、甲基托布津等药剂喷洒。
叶斑病 发病时叶片上产生枯斑点，斑点大小、形状各不相同。受叶斑病为害的中药材有桔梗、丹参、金银花、枸杞、太子参、菊花和白芷等。防治时可用多菌灵、代森锌等及时喷洒。
锈病 发病时叶片上有黄色或锈褐色疱状物、刺毛状物，破裂时散出铁锈色粉末状物。阴雨连绵的季节发生严重。易被锈病浸染的药材有金银花、黄芪、北沙参、白芷、白术、党参、木瓜和元胡等。可用粉锈宁、代森锌、萎锈灵等及时喷洒防治。