我国加入WTO后，随着中药现代化、国际化进程的推进，中药正在走向世界，造福全人类，目前我国中药已出口130多个国家。但我国生产的众多传统中药产品，大多数不能符合国际医药的标准和要求，致使目前我国在国际市场上中药销售份额仅占5％左右。其原因之一是中药材种植过程中防治病虫害使用的农药残留超标问题。因此，按照中药材GAP的要求，规范中药材生产是提高产品质量和竞争力的需要。由于中药材的栽培技术、生物学特性和药用要求其生态条件具有特殊性，决定了中药材病虫害的发生和一般农作物相比有它自己的特点，中药材规范化栽培(GAP)中病虫害防治也应有针对性地采取相应措施。主要包括以下几个方面：
一、农业防治技术
农业防治是指通过综合运用栽培、管理技术措施，达到促进中药材植物正常生长发育，减轻或防治病虫害的目的。其主要方法有：
1、合理轮作和间作。合理的轮作和间作可减轻病虫危害。不同科属中药材品种间进行轮作或中药材植物与其他粮食、蔬菜作物轮作，如附子和水稻、玉米，大黄与黄芪，白术与禾本科植物通过3-4年的轮作，可减轻根腐病、白绢病、炭疽病等的危害。间作时应选择和药材植物发生的病虫害不相同的作物进行间作，如附子田可间作菠菜或玉米，地黄田可间作玉米或芝麻。
2、深耕细作，清洁田园。很多病原菌和害虫在土内越冬，因此通过冬耕不仅可直接破坏害虫的越冬场所，减少越冬病虫源，而且可使表层土内越冬的害虫暴露于土表，被天敌寄生或取食，使其不能羽化出土；土内一部分病菌由于日光照射亦能被直接杀死，达到防病的目的。田间杂草是病虫隐蔽及越冬场所，因此，清除杂草是病虫隐蔽及越冬场所，因此，清除杂草和前茬作物集中烧掉或深埋，是防治病虫害的重要农艺措施。如附子收获后及时集中烧毁稿秆可有效防治钻心虫。
3、合理施肥和灌溉。合理施肥能有效促进中药材植物的生长发育，增强抗病能力。生产实践证明，偏施氮肥往往会加重病虫危害，而增施磷肥和钾肥，特别是钾肥可以增强植物抗病性。如阴湿条件下常发生药用植物的根腐病，若适当增施磷肥和钾肥，少施氮肥，然后配以挖沟排水控制温度的管理措施，可显著减少烂根。因此，根据药用植物特性采取有效的灌溉方式，也是防治病虫害行之有效的方法。
二、生物防治技术
生物防治是指利用自然界中的生物因素来进行病虫害防治，包括动物（昆虫、螨类、鸟类、两栖类等）、真菌、细菌、病毒等。主要方法有：
1、以虫治虫，利用天敌昆虫防治害虫。天敌昆虫主要有瓢虫、螳螂、草蛉、步行虫、食蚜蝇、食虫虻和各种寄生蜂、寄生蝇等。这些天敌害虫在自然界里广泛存在，对抑制中草药植物害虫起了不可忽视的作用。值得我们注意的是要保护这些益虫，给它们提供良好的生存环境，使其能够顺利繁殖，代代相传，达到控制虫害的目的。
2、以微生物治虫。即利用真菌、细菌、病毒等病原微生物来防治害虫。目前应用的有苏芸金杆菌、杀螟杆菌、青虫菌等各种制剂。
3、利用害虫天敌动物治虫。许多害虫天敌如各种蛙类、益鸟等能捕食大量的害虫。据研究，解剖一只蛙的食料中害虫占70%以上，啄木鸟、杜鹃、喜鹊等鸟类也主要取食害虫，可有效控制木本药材植物的害虫如天牛幼虫、吉丁虫、松毛虫等。由此可见，我们应积极保护自然界中的有益动物，并创造条件加以繁殖和利用。
三、物理机械防治技术
利用人工方法、简单的器械、温度、光、电磁波、超声波、核辐射等方法防治病虫害即为物理机械防治。主要方法有：
1、人工捕杀。危害活动时间集中的害虫可用人工捕杀。如在夏天雨后黄昏时捕杀刚出土的金龟子成虫；在农事操作时摘取害虫在植物上所产的卵和刚孵化的幼虫。
2、灯光诱杀。在田间安装黑光灯，利用害虫的趋光性进行灯光诱杀，可诱杀到某些鳞翅目成虫、叶蝉、金龟子等。
3、温度灭菌、灭虫。用温水浸种或开水烫种，可防治由种子带菌的病害，如防治薏苡种子表面携带的黑穗病菌孢子，可于播种前用60℃温水浸种半小时或开水烫种5-8秒，防治效果达70%-85%。
四、化学防治技术
化学防治是应用化学药剂进行药用植物病虫害的防治，具有作用快、效果好、使用方便等优点，是目前防治药用植物病虫害的重要手段。但如果使用不当易造成农药残留、环境污染和病虫产生抗性等后果。所以，化学防治要做到科学用药，其主要方法有：
1、根据病虫害发生情况合理用药。能不用药的尽量不用药，能少用药的尽量少用药，能兼治尽可能兼治，能用生物农药尽量不用化学农药，以达到减少污染或无污染的目的，保证药材的高质量。如常用于防治灰霉病、白粉病、炭疽病的托布津和防治锈病、霜霉病和叶斑病的百菌清，整个生育期最多用药次数不超过3次，最后1次用药距采收不得少于15天。治虫用的敌百虫、辛硫磷和溴氰菊酯等各类农药，全生育期最多用药次数不超过3次，最后1次用药距采收不得少于7天。
2、必需用药时首先应筛选高效、低毒、低残留的药剂，同时应尽量减少用药次数，仅在防治的关键时期用药。如防治药材苗期病害应在发病初期使用，防治食叶性害虫应在幼虫孵化盛期用药。防治地下害虫应采用药剂浸种和拌种方法，结合耕作采用土壤消毒的方法。
3、使用化学药剂中应尽可能避免对天敌的杀伤，或选择对天敌较安全的农药。施药方法应注意对天敌的保护，如采用毒土和种子处理的方法。