在土壤中生活的生物群的总称。亦称土居生物（edaphone）、土壤动物（也称地下动物）。菌类、地表藻类加上高等植物的根部等，都是该群落的组成要素。在陆上群落的营养动态中，土壤生物群落通过腐食食物链承担着植物死体、动物排泄物、动物尸体等有机物的分解，还原成无机物的大部分工作。在自然土壤中，丝状菌的作用量，较之细菌占有压倒的优势。土壤动物通过排出的粪块，形成土壤团粒结构，改善通气性和保水性，并可使菌体和孢子在地下扩散等等，从而促进微生物的活动。在日本的自然土壤中，大型土壤动物（蚯蚓类、马陆类，蜘蛛类、蜈蚣类、甲壳类）的数量每1平方米为102，双翅目幼虫为103，姬蚓类、蜱螨类、跳虫类各为104，自由生活的线虫类则为105—106，细菌类每克表层风干土达106—107，菌类则为105（菌丝总长达1—6公里）的量级。整个土壤生物群落的呼吸量称为土壤呼吸，是土壤生物活性的指标。