软体动物瓣鳃类的贝壳为左右2瓣；腹足类的贝壳为1个，呈螺旋形；掘足类的贝壳，为上端有开口的牛角形。这些壳包裹着软体部，起保护作用。贝壳由95％的无机盐类（大部分是碳酸钙，磷酸钙只占1—2％，而碳酸镁不足0.5％）和蛋白质性的壳基质构成。贝壳的最外面覆盖着薄的角质层，中间是棱柱层，最内的一层是与外套膜表面相接的珍珠层。位于外套膜边缘之肥厚部分泌角质层；其内侧部分分泌棱柱层：真珠层则是由外套膜整个表面所形成的。
拟软体动物腕足类的贝壳，背腹2枚，背壳扁平，腹壳比背壳大，且呈凹形。其切面结构与软休动物完全不同，有无数极微细的小管垂直固着于贝壳的表面。