不同的多态性切点在一特定人群中出现（ ）的频率不一样。如在一段DNA 中，切点Ａ出现的频率为0.6 （即60 ％的人含有该切点，而另外40 ％的人在同一位点处不含该切点）；而切点Ｂ的出现的频率为0.4 。如果这两个多态性切点（Ａ，Ｂ）是随机相关的，那么，Ａ、Ｂ同时存在（ ）的概率等于每个位点存在频率的乘积，即0.6 ×0.4=0.24, 即24 ％的人同时含有Ａ、Ｂ两个切点。如果它们是非随机相关的，那么同时存在的可能性将和预期的频率相差较大。这种相关的非随机性称为连锁不平衡。如果多态性切点数目为n ，则可有2n 种不同的组合，每种组合称为一种单体型（haphotype ），每种单体型随机相关的预期出现频率为各个位点频率乘积。但是，实践证明多态性切点之间并非随机相关。例如，在β珠蛋白基因簇内多态性切点2 到9 共8 个，理论应有28=256 种组合，即256 种单体型。但实际上有3 种单体型在稀腊、意大利和亚洲印度人βA 染色体（携带正常β－珠蛋白基因的染色体）中就有94 ％，而有些理论上的组合在实际上却是不存在的。在理论上，单体型（从切点2 到9 ）的频率为0.46 ×0.48 ×0.7 ×0.27 ×0.83 ×0.52 ×0.37 ×0.32=0.0021, 而实际上该单体型的频率为0.64 ，两者相差甚大。这说明各个多态性切点之间是非随机相关的（连锁不平衡）。但也有例外，如切点10(HinfI 切点）与β基因簇各个切点都是连锁平衡的。从单体型与疾病基因的关系的研究发现，某一β－地中海贫血（简称β－地贫）基因在某一人群中与某些单体型存在着强烈的相关性；而且，在某些人群中，引起β－地贫的某种突变与某些特定的单体型密切关联，只有少数例外。这样，在该人群中，只要我们确定了某个人的单位型就可以基本上确定该个体是否含有某种突变基因。但是，即使在同一种族的人群或同一区域的人群中，这种连锁仍是不完全的。这主要表现在两个方面：第一，某一RFLP 单体型与某一突变基因相连锁，但在正常人中也能找到相同的单体型。因此，应用单体型就不能肯定地说某一个体是否存在该突变基因。但是，即使在同一种族的人群中或同一区域中的人群中，这种连锁也不相同。因此, 应用单体型就不能肯定地说某一个体是否存在该突变基因。第二、同一种突变也可以和几种单位型相关联。对于这两个情况，为了进行产前诊断，可以先通过家系调查，确定在该家系中某种单体型确与某种突变基因相关联后，再检测胎儿的单体型来确定该胎儿是还含有这种突变基因。但有时通过家系调查也无法确定某种单体型是否与某种突变相连锁，这时，就无法对其胎儿作出正确的判断。这也是RFLP 用于诊断的缺点所在。
