目前为止较为常用的5种制备siRNAs的方法包括:
1.化学合成
2.体外转录
3.长片断dsRNAs经RNase III 类降解
4.siRNA表达载体或者病毒载体在细胞中表达siRNAs
5.PCR制备的siRNA表达框在细胞中表达
前三种方法经过体外制备siRNAs然后应用专门的RNA转染试剂将siRNAs转到细胞内转染或者电转染导入哺乳动物细胞；后两种方法则这两种方法的优点在于不需要直接操作RNA，依赖能够表达siRNAs的DNA载体或者基于PCR的表达框架转染到细胞中，通过转染到细胞的DNA模板在体内的转录得到siRNAs。每种方法都有自己的优点和缺点。哪种是最好的方法，其实取决于实验目的。
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比较项目 |
体外制备siRNA |
体内表达siRNA |
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化学合成 |
体外转录 |
RNase III降解dsRNA |
SiRNA 表达载体 |
PCR 表达框 |
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设计和筛选最有效siRNA序列 |
需要 |
不需要 |
需要 |
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材料需求 |
21ntsiRNA |
29nt siDNA |
转录模版 (200-1000bp) |
45-50nt dsDNA |
~50nt dsDNA |
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制备规模 |
大量 |
受限 |
大量 |
受限 |
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合成/制备 转染 所需时间 |
4天-2周 |
dsDNA合成时间 1天 |
转录模版制备时间 1天 |
dsDNA合成时间 5天以上 |
dsDNA合成时间 6小时 |
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个人所需操作时间 |
几乎没有 （只需定购） |
中等 |
长 |
中等 |
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标记siRNA 进行细胞定位 |
能 |
不能 |
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转染的难易程度 |
专门的RNA转染试剂或者电转染 |
DNA转染，不直接操作RNA |
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检测总体转染效率 |
不能 |
能 |
不能 |
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抑制时效（即稳定性） |
短暂 |
长期 |
短暂 |
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制备费用 |
高 |
相对较低 |
低 |
中等 |
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