定位候选克隆是在定位克隆的基础上部分融合了功能克隆的策略。先以基因的染色体定位信息和相应的染色体区段物理图和遗传图为基础，研究已定位在该区段中的基因、EST等与某一性状(如疾病)的相关性，最后确定目的基因而加以克隆。这种策略大体上可分三个步骤：①利用家系分析、细胞遗传学方法精确地把与某一性状相关的基因定位在染色体上；②利用现存的信息，分析位于该染色体区段内的已知基因或EST，将其功能结构域同该性状(疾病)携带者的生理生化异常、基因表达的时空专一性状进行比较分析，从而确定候选基因；③在该性状携带者中筛选出相关基因的突变，确定导致该性状的目的基因。反之，若确定某一基因在染色体上的位置后，也可将已定位于这一区段内的所有遗传性状同该基因的结构和表达特征作比较，从而确定该基因的功能。马方综合征(Marfan syndrome)基因的克隆是这种方法的一个成功例子。先是通过家系连锁分析将该病的相关基因定位在人的15号染色体长臂；几乎同时，原纤蛋白(“brillin)基因也被定位在15号染色体的同一区域内，随后便在患者中检测到原纤蛋白基因编码区的突变，从而证明原纤蛋白基因的突变是导致马方综合征的一个重要原因，并克隆了这个基因。
