农业生态系统是在一定时间和地区内，人类从事农业生产，利用农业生物与非生物环境之间以及与生物种群之间的关系，在人工调节和控制下，建立起来的各种形式和不同发展水平的农业生产体系。与自然生态系统一样，农业生态系统也是由农业环境因素、绿色植物、各种动物和各种微生物四大基本要素构成的物质循环和能量转化系统，具备生产力、稳定性和持续性三大特性。
与自然生态系统相比，农业生态系统有如下鲜明的特点：
（1）为提高农业生态系统生产力而加入辅助能源是经过加工的燃料（以及畜力和人力），并非自然能量。
（2）人的管理使农业生态系统多样性大为降低，而使系统产物中特定的食物产量达到最大。
（3）农业生态系统中的主要植物和动物并非是自然选择下形成的，而是在人工选择下形成的。
（4）农业生态系统受到自外部的有目的控制，并非像自然生态系统那样通过内部的反馈实现的。所以，农业生态系统实质上是一个由人参与及主宰下的由社会—经济—自然结合而成的复合生态系统。
人类在合理利用太阳辐射能这一基本能量来源的同时，以施用化肥、农药以及机械作业等方式投入一定的辅助能源，增加系统内可转化为生产力的能量。通过栽培管理、选育良种和施用化肥、农药等技术，在提高农业系统生产力方面取得了巨大的成就，为满足日益增长的世界人口的吃穿需要和社会经济的持续发展奠定了坚实的基础。
但是，在农业发展过程中，限于人口的压力和对自然规律的认识，人类对农业生态系统稳定性和持续性未能给予充分重视。造成当前农业环境质量恶化，农业生态平衡遭到破坏，已在全世界范围内不同程度地影响了农业生态生产力的发挥和农业的长期发展。
农业环境是指农业生态系统中的非生物因素，即指农作物、林木、果树、畜禽和鱼类等农业生物赖以生存、发育、繁殖的自然环境。它包括农田土壤、农业用水、空气、日光和温度等。从当前农业生态环境情况看，土地退化、土壤荒漠化及盐碱化、水土流失现象十分严重，农业用水污染及由此导致的农田土壤污染、农药和化肥污染也时有发生。这一切均严重影响着农业的持续发展和粮食的安全。所以，农业环境保护已成为迫在眉睫的重要问题。