绿色食品的范围涵盖有机食品，但有机食品不同于绿色食品，它们之间最主要的区别有：
² 生产、加工所依据的标准不同。绿色食品是根据我国绿色食品生产、加工标准而进行生产、加工的。而有机食品是根据国际有机农业运动联合会（简称IFOAM）制定的有机食品生产加工标准进行生产加工的，具有国际性。
² 我国绿色食品生产过程中可以允许使用高效低毒农药，也允许使用化学肥料。而有机食品的生产过程中禁止使用人工合成的农药、化肥和除草剂等，只能使用有机肥、生物农药和物理防治病虫害。
² 管理方法上的差异。颁证的组织机构、颁证的有效期、颁证和产量之间的关系上有所不同。