由于棚室菜地施肥量大，冬春季节封闭严，且气温低、光照弱，蔬菜体内硝酸还原酶活性低，很容易积累硝酸盐。如何通过施肥减少蔬菜中硝酸盐的积累，是无公害蔬菜施肥应注意的问题：
一、实施配方施肥
根据不同蔬菜的需肥特点和土壤供肥状况，确定氮、磷、钾及微量元素的适宜用量与相应的施肥技术。大棚蔬菜对氮、磷、钾的最大需求期分别为：黄瓜在种植后75～140天，番茄在30～52天，甜椒在30～60天。最佳化肥氮、磷、钾施用比例为黄瓜1∶0.67∶1.83，番茄为1∶0.38∶1.75，甜椒为1∶0.38∶1。蔬菜对微量元素虽说需要量极少，但必不可少，使用微肥叶面喷洒，应把好用量标准。如硫酸亚铁为0.1%～0.3%、锌为0.05%～0.2%、硼砂为0.3%～0.5%、钼酸铵为0.02%～0.05%、硫酸铜为0.02%～0.04%，可结合防病喷波尔多液，既治病又增肥力，也可在喷时加0.1%～0.4%尿素或0.2%～0.3%磷酸二氢钾。注意叶菜不要叶面喷肥，以免增加硝酸盐含量。
二、控制氮肥施用量
氮肥是蔬菜生产中不可缺少的肥料，但不能过量施用。要使蔬菜达到国家和国际规定的无公害标准，必须降低蔬菜中的硝酸盐含量。要减少氮肥的施用量，应根据不同蔬菜需肥量而定，一般每亩以10～12公斤纯氮为宜，氮肥要深施，并要与磷、钾肥配合施用或施用三元复合肥，施后要及时盖土，最好采用化肥插管渗施或结合膜下滴灌施入根部，减少流失，提高利用率，收获前20天停止追施。
三、禁止施用硝态氮肥
硝酸铵、硫铵、硝酸磷肥、硝酸钾以及含硝态氮的复混肥，施用后容易使蔬菜积累硝酸盐。此外，不宜施含氯化肥如氯化钾、氯化铵等，氯离子能降低蔬菜中的淀粉及糖含量，使品质变劣，产量降低，而且残留于土壤中易造成土壤脱钙，引起板结。硫酸镁、硫酸铵等肥料，施入土壤中，分解出的硫酸根离子，不易被蔬菜吸收而留在土壤中，危害蔬菜生长。禁止施用碳铵，因易挥发大量氨气，易引起氨害。
四、施用生态有机肥
施用畜禽粪便经过发酵生产的生态有机肥，如果有针对性地配以不同元素，便会形成系列专用肥。生态有机肥的有机质含量可达45%，对蔬菜能起到固氮、解磷、解钾的作用，还能分解农药及化肥的残留物质。生产一吨生态有机肥，用鲜鸡粪2～2.5立方米、秸秆粉0.2～0.3吨、玉米面5公斤、多维复合酶菌菌种8公斤为原料。先将鸡粪与干秆粉掺和对水，用手捏成团，手指缝有水，但不滴水，松手即散，含水量达到45%为宜，然后添加玉米面和多维复合酶菌，再进行混合掺匀，不留生块。随即堆成堆，上面覆盖保温膜。春、夏、秋季5～6天即可发酵成熟，冬季需要7～10天成熟。一般堆1～3天，堆内温度上升到80℃，可杀死大肠杆菌和虫卵，消除鸡粪的臭味，以后堆肥变松散、干爽，长满白色菌丝，两天后即可发出一种酒曲香味。堆肥成熟后，稍加晾干便可施用。
五、限制使用激素
有些菜农不讲蔬菜的品质，为了追求高产、早熟、早上市，施用赤霉素、乙烯利、多效唑等激素催长、催熟，大大降低了蔬菜的品质，人们长久食用对身体健康极为不利。