水体中的病原微生物常因数量较少而难以检出，即使检出结果为阴性，也不能保证无病原微生物存在；同时检出手续也很复杂。所以，在实际工作中常借用检查水体中有无“指示菌”存在及其数量多少来判定水质是否被污染。这在水的卫生学检查方面有较重要的意义。一般将大肠菌群、粪链球菌、产气荚膜杆菌、铜绿假单胞菌、金黄色葡萄球菌等作为粪便污染指示菌，其中以大肠菌群指数（亦称大肠杆菌指数）最常使用。大肠菌群指数（coli-index）指1升水中含有的大肠菌群数。大肠菌群是一群以大肠埃希氏菌为主的需氧及兼性厌氧，革兰氏阴性，无芽孢杆菌，能在48小时内发酵乳糖并产酸产气。检测中规定生活饮用水的水质标准为1升水中大肠菌群不得超过3个，即大肠菌群指数不得大于3。也可用“大肠菌群值”来表示。即以水样中可检出1个大肠菌群数的最小毫升数表示，两者的关系是：大肠菌群值=1000/大肠菌群指数。大肠菌指数常用于饮用水、食品、饮料等的卫生检测中。