1、转出企业凭外经贸主管部门的深加工结转批准文件、《申请表》(一式四联)、《登记手册》、购销合同或协议等有关单证向转出地海关保税部门提出申请。转出地海关审核同意后，在《申请表》上批注意见并注明不按转关规定办理的原因，通过计算机网络把结转内容传输至转入地海关。《申请表》第一联留存，另三联由转出企业交转入企业。
2、转入企业应在转出地海关批准的《申请表》上填写本企业的相关资料并盖企业印章后，到转入地海关办理有关手续。
3、转入地企业向主管海关递交《申请表》、《登记手册》和购销合同或协议。办结审批手续后，将《申请表》第三、四联留存，凭以办理结转报关手续。
4、经海关同意实行分批送货统一报关的，转出企业应按海关批准的货物数量进行实际送货，转入企业收货后应在《保税货物实际结转情况登记表》(以下简称《登记表》)上登记、签章。在结转计划执行完毕或有效期内，转入、转出企业应凭双方《登记手册》、《申请表》、《登记表》、购销合同或协议等单证到转入地海关办理形式进/出口报关手续。
5、一次性办结送货手续的，应在转入地海关一次性办理结转报关手续。