生物的危害包括有害的细菌、病毒、寄生虫。食品中的生物危害既有可能来自于原料，也有可能来自于食品的加工过程。
微生物种类繁多分布广泛，被划分成各种类型。食品中重要的微生物种类包括：酵母、霉菌、细菌、病毒和原生动物。一般而言，酵母、霉菌不引起食品中的生物危害（虽然某些霉菌产生有害的毒素――化学危害），只有细菌、病毒、原生动物能引起食品的生物危害，使食品不安全。
⑴细菌危害
细菌危害是指某些有害细菌在食品中存活时，可以通过活菌的摄入引起人体（通常是肠道）感染或预先在食品中产生的细菌毒素导致人类中毒。前者称为食品感染，后者称为食品中毒。由于细菌是活的生命体，需要营养、水、温度以及空气条件（需氧、厌氧或兼性），因此通过控制这些因素，就能有效地抑制、杀灭致病菌，从而把细菌危害预防、消除或减少到可接收水平――符合规定的卫生标准，例如，控制温度和时间是常用且可行的预防措施――低温可抑制微生物生长；加热可以杀灭微生物。
⑵寄生虫和原生动物
寄生虫是需要有寄主才能存活的生物，生活在寄主体表或其体内。世界上存在几千种寄生虫。只有约20％的寄生虫能在食物或水中发现，所知的通过食品感染人类的不到100种。通过食物或水感染人类的寄生虫有线虫（Nematodes/round worms）、绦虫（Cestodes/tape worms）、吸虫（Trematodes/flukes）和原生动物。
大多数寄生虫对人类无害，但是可能让人感到不舒服。寄生虫感染通常与生的或未煮熟的食品有关，因为彻底加热食品可以杀死所有食品所带的寄生虫。在特定情况下，冷冻可以被用来杀死食品中的寄生虫。然而，消费者生吃含有感染性寄生虫的食品会造成危害。