在食品贮藏工作中，应该采取各种措施，对于可能出现的微生物污染进行预防。一旦出现微生物污染，应采取措施控制。
1 、食品微生物污染的预防
许多食品，如水果、蔬菜、鱼、肉、禽蛋等，内部一般不常含有微生物，但其外表往往带有各种各样的微生物，在某些条件下，其数量相当巨大。这些微生物的存在，由于它们已适应于这些食品的环境条件，因而极易大量而迅速繁殖。
作为预防措施，首先是对某些食品原料所带有的泥土和污物进行清洗，以减少或去除大部分所带的微生物。干燥、降温，使环境不适于微生物的生长繁殖，也是一项有效的措施。在加工、运输、贮藏过程中的环境、设备、辅料和工作人员，都应注意防止微生物对食品的污染。无菌密封包装是食品加工后防止微生物再次污染的有效方法。
2 、减少和去除食品中已有的微生物
食品及其原料，都不可避免地带有某些微生物，包括有病原菌和腐败菌，不仅可引起食品的腐败变质，食用后甚至会引起人们的健康损害。
减少和去除食品中已有微生物的方法很多，如过滤、离心、沉淀、洗涤、加热、灭菌、干燥、加入防腐剂、辐射等等。这些方法可以根据食品的不同性质，加以选择应用。但应注意选择的方法应以不损害食品的营养、风味、表观性状、内在质地和食用价值为原则。
3 、控制食品中残留微生物的生长繁殖